Effectivement, mon site ne s'affichait plus du tout : j'avais une erreur "No input file specified." à la place de toutes mes pages.

Je n'ai pas pu tester en mettant à jour la version de Dotclear (je suis encore en 2.1.3), qui aurait peut-être résolu mon souci.

Le problème venait du fichier .htaccess fourni par défaut par Dotclear, j'ai donc cherché des correctifs. Ni le premier billet (J'héberge mon blog Dotclear sur Dreamhost) ni le deuxième (Dotclear 2, Dreamhost et Htaccess) n'ont résolu mon problème alors voici la solution à laquelle je suis finalement arrivé.

# Par défaut dans Dotclear :
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
# Lignes posant problème dans mon cas :
#RewriteRule (.*) index.php/$1
#RewriteRule ^index.php$  index.php/
# Ligne corrigeant le problème :
RewriteRule ^(.*)$ /index.php?$1

Attention, nécessite de modifier le type d'URL dans les paramètres du site : remplacer PATH_INFO par QUERY_STRING. Cela n'empêche absolument pas de garder des URLs sans "index.php?", rassurez-vous.

J'ai également fait le tour du about:config pour corriger quelques chemins relatifs qui ne pointaient plus correctement.